消費税の還付申告：還付されるケース、手続、還付までの期間と課税事業者選択届出書

還付が生じるケースと計算例

【確定】2026年11月11日時点の法令等に基づく。

還付の仕組み

消費税の申告では、課税標準額に対する消費税額（売上げの税額）から、仕入れ等にかかる消費税額などの控除額の合計を引きます。引ききれない不足額があるときは、その不足額が還付されます。税務署長は、申告書にこの不足額の記載があれば、その額の消費税を還付するとされています（消費税法45条1項2号〜5号、52条1項）。国税庁も、仕入代金に含まれる消費税と地方消費税は売上げの税額から控除でき、控除しきれない部分は確定申告により還付されると説明しています（国税庁 タックスアンサー No.6613）。

控除する仕入れ等の税額の計算（全額控除、個別対応方式、一括比例配分方式）は、仕入税額控除の計算方法と課税売上割合と95%ルールで説明しています。課税売上高が5億円を超える課税期間や課税売上割合が95%に満たない課税期間は、控除できる額が全額ではなくなります（消費税法30条2項）。

還付が生じる主な場面

出典：国税庁「消費税の還付申告に関する明細書（個人事業者用）の記載要領等」「同（法人用）の記載要領等」（個人事業者用 PDF、法人用 PDF）。明細書の理由欄は「輸出等の免税取引の割合が高い」「設備投資（高額な固定資産の購入等）」「その他」の3つで、その他にあたるときは理由を簡潔に書きます。

還付が生じない・受けられない場合

• 免税事業者：課税仕入れ等の税額の控除ができず、売上げの税額より仕入れの税額が多くても還付を受けられません（タックスアンサー No.6613）。
• 簡易課税・2割特例・3割特例：売上げの税額をもとに仕入れの税額を計算する方法なので、多額の設備投資があっても、通常、還付税額は生じません（国税庁インボイスQ&A 問117-2、問117-3）。
• 仮決算による中間申告：仮決算で計算した税額がマイナスになっても、還付は受けられません（タックスアンサー No.6609）。

計算例：設備投資のある年（一般課税）と、他の方法で申告した場合

小売業の個人事業者が、10%の取引だけを行った課税期間の例です。課税売上げは税抜10,000,000円、課税仕入れ・経費（設備を含む）は税抜25,000,000円で、課税売上割合は100%、仕入れの税額は全額を控除できるものとします。

検算：仕入れの消費税等（25,000,000円×10%＝2,500,000円）から売上げの消費税等（10,000,000円×10%＝1,000,000円）を引いた1,500,000円と一致します（当会計算）。地方消費税の還付額が「控除不足還付税額×22/78」になることは、地方税法72条の88第2項と72条の83によります。申告書第一表（一般用）では、国の分を⑧欄、地方消費税の分を⑰欄・⑲欄に書き、合計の㉖欄は還付のときにマイナスを付けます。

同じ数字を、一般課税以外の方法で申告した場合は、次のようになります。納付になり、還付は生じません。

地方消費税は、国の分に22/78をかけた額です。簡易課税のみなし仕入率（第2種80%）は、タックスアンサー No.6505によります。2割特例は令和8年9月30日までの日の属する課税期間まで、3割特例は個人事業者の令和9年分・令和10年分に使える特例です（国税庁 インボイス制度特設サイト「令和8年度税制改正特集」）。簡易課税の事業区分とみなし仕入率は簡易課税制度、2割特例・3割特例は2割特例はいつまで・3割特例で説明しています。

還付を受けられる人・受けられない人

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還付を受けるための申告書を出せるのは、課税事業者（納税義務が免除されない事業者）に限られます。国税庁は、次の7つを具体例として挙げています。

出典：国税庁 タックスアンサー No.6613、No.6501。表は国税庁の例示に沿っていますが、(1)は当会が消費税法9条1項に合わせて「超える者」としています（2026年11月11日に確認した国税庁の同ページは「1,000万円以下である者」と書いていますが、条文では、基準期間の課税売上高が1,000万円以下の事業者は、インボイス発行事業者を除いて納税義務が免除されます）。基準期間の課税売上高が1,000万円以下の事業者が課税事業者になるかどうかは、(2)〜(7)などにあたるかどうかで決まります。

基準期間の課税売上高が1,000万円以下で、インボイス発行事業者の登録も課税事業者の選択もしていない事業者は免税事業者です。免税事業者は、課税仕入れの税額の控除ができないため、還付を受けられません。基準期間と特定期間の判定は、基準期間：個人は前々年、法人は原則として前々事業年度で説明しています。

インボイス発行事業者の登録を受けると、基準期間の課税売上高にかかわらず課税事業者になります。免税事業者が課税期間の途中で登録を受けた場合には、登録日以後に行った課税資産の譲渡等が申告の対象になる経過措置があります（No.6501）。登録の手続はインボイス登録のやり方で説明しています。

還付申告の手続

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手続の流れ

2割特例・3割特例を適用して申告するときは、確定申告書にその旨を付記します（インボイスQ&A 問117-2、令和8年度税制改正リーフレット）。申告書の各欄の書き方は消費税申告書の書き方、e-Taxでの提出はe-Taxで消費税申告するやり方で説明しています。

提出する書類と「還付申告に関する明細書」

消費税の確定申告書には、課税期間中の資産の譲渡等の対価の額や課税仕入れ等の税額の明細（付表等）を添付します（消費税法45条6項）。還付申告書を出すときは、このほかに「消費税の還付申告に関する明細書」の添付が必要です（タックスアンサー No.6615）。

出典：国税庁 タックスアンサー No.6615。課税期間中に旧税率（3%・4%・6.3%）が適用された取引がある場合は、付表1-1・1-2、2-1・2-2を使います（国税庁「消費税及び地方消費税の申告書・添付書類等」）。

明細書は個人事業者用と法人用があり、様式と記載要領は国税庁が掲載しています。記載する内容は次のとおりです。

出典：国税庁「消費税の還付申告に関する明細書（個人事業者用）の記載要領等」「同（法人用）の記載要領等」（個人事業者用 PDF、法人用 PDF）。取引先の適格請求書発行事業者の登録番号を記載した場合は、取引先の氏名（名称）と住所（所在地）の記載を省略できます。この明細書を添付する根拠は、消費税法施行規則22条3項とされています。

申告期限

出典：国税庁 タックスアンサー No.6601、No.6610、No.6137、消費税法45条1項。決算月別の期限は決算月別の早見表にあります。課税売上げがなく納付税額もない課税期間は申告の義務がありませんが、還付申告はできます（No.6601）。

還付金の受取口座

申告書第一表には「還付を受けようとする金融機関等」の欄があり、金融機関名・預金種類・口座番号などを書きます。個人の方には「公金受取口座の利用」の欄もあります（国税庁「消費税及び地方消費税の申告書・添付書類等」の令和8年10月1日以後に開始する課税期間用の第一表）。国税庁の確定申告期Q&Aは、預貯金口座の名義に店名・事務所名などの名称（屋号）が含まれる場合は振り込めないとしています。あわせて、一部のインターネット専用銀行には還付金を振り込めないとしています（国税庁 確定申告期Q&A【税金の還付】Q43・Q44。個人の確定申告書についての案内です）。

2026年10月以後の様式

国税庁は、消費税の申告書の第一表・第二表を「令和8年9月30日以前に開始した課税期間用」と「令和8年10月1日以後に開始する課税期間用」に分けて掲載しています。個人事業者の令和8年分の申告は、「令和8年9月30日以前に開始した課税期間用」を使うよう案内されています。

出典：国税庁「消費税及び地方消費税の申告書・添付書類等」（2026年11月11日に確認）。同じページでは、付表と「消費税の還付申告に関する明細書」は、この2つの区分に分けて掲載されていません。新しい様式の第一表（一般用）には、⑧控除不足還付税額、⑫中間納付還付税額、⑰地方消費税の控除不足還付税額、⑲還付額、㉓中間納付還付譲渡割額の欄があり、㉖は還付のときにマイナスを付けます。

国税庁は、2026年9月24日に国税システムを更改し、一部の書面申告書や申請・届出書の様式が新しくなったと案内しています。様式の変更に伴い、申告書の控用はなくなり、配色は原則として白黒になりました（国税庁「国税システムの更改について」）。国税庁はe-Tax申告を推進しています。同ページには、ベンダーソフトから最新の様式が出力されない場合などは、その様式でも提出できるとあります。様式の違いと入手方法は令和8年10月1日以後に開始する課税期間は新しい第一表・第二表で説明しています。

還付までの期間と還付加算金

【確定】2026年11月11日時点の法令等に基づく。

還付までの期間

消費税の還付金について、法令上の「何日以内」という定めは、当会が確認した範囲では見当たりません。税務署長は、還付金があるときは遅滞なく金銭で還付するとされています（国税通則法56条1項）。国税庁の確定申告期Q&Aは、次のように案内しています。

出典：国税庁 確定申告期Q&A【税金の還付】Q41。この案内は所得税等の確定申告を中心とした一般的なもので、消費税の還付申告で個別の日数を保証するものではありません。

e-Taxの利用者識別番号を持っている方は、税務署に問い合わせなくても、e-Taxにログインして還付金の処理状況（支払決定日等）を確認できます。確認できるようになる時期は、e-Taxで還付申告を出してから2週間程度、書面で出してから1か月程度とされています（e-Tax「還付金処理状況確認について」）。

申告内容に疑義があるときは、還付金の支払手続の前に、還付の保留と調査が行われることがあります（還付申告の審査と調査）。この場合の期間は、案内された目安より長くなる可能性があります。

還付を早く受けたいとき：課税期間の短縮

課税期間は、届出により3か月ごとまたは1か月ごとに短縮できます。短縮した課税期間ごとに申告するので、還付も課税期間ごとに受けられます。届出書は、適用を受けようとする短縮に係る課税期間の開始の日の前日までに出します。事業を廃止した場合を除き、2年間はやめられません（国税庁 タックスアンサー No.6137）。申告の回数が増えます。輸出が多い事業者の場合は還付を早く受けたいとき：課税期間の短縮でも説明しています。

還付加算金（還付金に付く利息）

還付金には、還付加算金が付きます（国税通則法58条）。消費税の還付金では、利息を計算する期間の始まりが、次のように定められています。

たとえば、個人事業者が令和8年分の確定申告書を2027年2月10日に期限内（期限は2027年3月31日）に提出した場合、利息の計算は2027年4月1日からです（当会計算）。申告書を早く出しても、利息が付くのは申告期限の翌日からです。割合は年ごとに定められ、財務省の資料では令和8年分（2026年中の期間）の還付加算金特例基準割合は年1.3%（平均貸付割合0.8%＋0.5%）です（財務省「延滞税・利子税・還付加算金について」（PDF））。2027年中の期間の割合は、この記事の時点で当会は確認できていません。

未納の国税があるとき：充当

還付金がある場合に、還付を受ける人に納付すべき国税が未納であるときは、税務署長は、還付に代えて、還付金をその国税に充当しなければならないとされています（国税通則法57条1項）。消費税の控除不足の還付金を、その申告書に係る課税期間の未納の消費税に充てる場合は、充てる金額に還付加算金は付かず、その消費税の延滞税と利子税は免除されます（消費税法52条3項）。

課税事業者選択届出書との関係

【確定】2026年11月11日時点の法令等に基づく。免税事業者が還付を受けるには、課税事業者になる必要があります。その方法は、課税事業者選択届出書を出す方法と、インボイス発行事業者の登録を受ける方法の2つです。

届出書の提出時期と効力

出典：消費税法9条、国税庁 No.6501・No.6629・No.6630。

設備投資と、免税事業者に戻れない期間

課税事業者選択届出書を出して課税事業者になった事業者が、課税事業者となった日から2年を経過する日までに開始した各課税期間中に、調整対象固定資産（棚卸資産以外の資産で、一の取引単位の税抜価額が100万円以上のもの）の課税仕入れ等を行い、その課税期間の確定申告を一般課税で行った場合は、仕入れ等を行った課税期間の初日から原則として3年間、免税事業者になれません。2年間は簡易課税制度選択届出書も出せません（消費税法9条7項、37条3項1号、タックスアンサー No.6501）。国税庁のQ&Aは、この「一般課税で行った場合」に還付申告も含まれると説明しています（国税庁「飲食料品に係る2年間の消費税率引下げに関するQ&A」問3-2）。このQ&Aは法案が成立した場合の内容を説明する資料ですが、この注は現行の消費税法9条7項の取扱いの説明です（同項は、簡易課税制度の適用を受ける課税期間だけを除いています）。

計算：売上げの税額＝3,000,000円×7.8%＝234,000円、仕入れの税額＝4,000,000円×110%×7.8/110＝312,000円、還付＝312,000円−234,000円＝78,000円、地方消費税＝78,000円×22/78＝22,000円（当会計算）。検算は、仕入れの消費税等400,000円−売上げの消費税等300,000円＝100,000円です。調整対象固定資産の仕入れがない場合は、免税事業者に戻れない期間は2年間（令和9年・令和10年）で、令和10年中に不適用届出書を出せます（国税庁Q&A問3-2）。

課税事業者が簡易課税制度・2割特例の適用を受けない課税期間（自己建設高額特定資産では3割特例の適用を受けない課税期間も）に、税抜1,000万円以上の棚卸資産・調整対象固定資産（高額特定資産）を仕入れた場合は、課税事業者選択届出書の有無にかかわらず、その課税期間の翌課税期間から、仕入れの日の属する課税期間の初日以後3年を経過する日の属する課税期間までは、免税事業者になりません（消費税法12条の4第1項、タックスアンサー No.6502）。金または白金の地金等の仕入れ等の合計額（税抜）が200万円以上の場合も、同様に翌課税期間から3年を経過する日の属する課税期間までは免税事業者になりません（同No.6502）。簡易課税制度選択届出書を出せない期間は、届出書を出せない期間（選択の制限）で説明しています。

棚卸資産の調整

免税事業者が課税事業者になる課税期間の初日の前日に、免税事業者であった期間中の課税仕入れ等に係る棚卸資産を持っている場合は、その棚卸資産の課税仕入れ等の税額を、課税事業者となった課税期間の仕入控除税額の計算の基礎とみなします。適用を受けるには、棚卸資産の明細書の保存が必要です（消費税法36条1項・2項、国税庁Q&A問3-2の注4）。

インボイス発行事業者の登録で課税事業者になる方法

免税事業者が、令和5年10月1日から令和11年9月30日までの日の属する課税期間に適格請求書発行事業者の登録を受け、登録を受けた日から課税事業者となる場合は、課税事業者選択届出書を出さなくても、登録日から課税事業者になります（タックスアンサー No.6505）。国税庁のQ&Aは、2つの方法の違いを表にしています。届出書を出す方法ではインボイスの交付義務はなく、登録を受ける方法では交付義務があります。登録を取りやめる場合の期限は登録日から課税事業者になり、原則として2年間は免税事業者に戻れないで説明しています。

簡易課税・2割特例・3割特例・インボイスとの関係

【確定】2026年11月11日時点の法令等に基づく。

申告の方法と還付

出典：国税庁インボイスQ&A（問117-2、問117-3）、国税庁「インボイス制度に関する令和8年度税制改正について」（PDF）。2割特例と3割特例は、免税事業者がインボイス発行事業者になったこと、または課税事業者選択届出書を出したことで事業者免税点制度の適用を受けられなくなる課税期間に限り使えます（同リーフレット）。3割特例は個人事業者のみです。

簡易課税を選んでいる事業者は、翌課税期間に設備投資を予定していても、不適用届出書の期限が課税期間の初日の前日であるため、投資の前の課税期間中に判断する必要があります。簡易課税の届出期限と2年間の継続は還付が見込まれる年と、2年継続・届出の制限、2割特例については一般課税を選んだほうがよい場合、3割特例については設備投資を予定している場合で説明しています。

仕入税額控除の要件とインボイス

仕入れ等の税額の控除は、課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿と請求書等を保存していることが要件です。保存がない課税仕入れ等の税額には適用されません。災害などやむを得ない事情で保存できなかったことを証明した場合は、この限りではありません（消費税法30条7項）。請求書等の交付を受けることが困難である場合などは、政令で定める場合に限り帳簿のみの保存で足ります。還付申告では、この保存の有無が控除額、つまり還付額に直接影響します。

免税事業者など、インボイス発行事業者以外の者からの課税仕入れには、一定割合を控除できる経過措置があります。国税庁のリーフレットによると、控除できる割合は2026年10月1日から70%に変わりました。令和8年度税制改正で適用期限が2年延長され、段階的に下がります。

出典：国税庁「インボイス制度に関する令和8年度税制改正について」（PDF）、所得税法等の一部を改正する法律（平成28年法律第15号）附則52条・53条（消費税法の附則の欄で確認）。

あわせて、一のインボイス発行事業者以外の者からの課税仕入れの合計額（税込み）が、その年または事業年度で1億円（改正前は10億円）を超える場合は、超えた部分には経過措置を使えません。この見直しは、2026年10月1日以後に開始する課税期間から適用されます（国税庁リーフレット）。たとえば、免税事業者から設備を税込1,100,000円（税抜1,000,000円・10%）で仕入れ、2026年10月1日以後に仕入れた場合、国の分の仕入税額は1,100,000円×7.8/110＝78,000円の70%で54,600円、地方消費税分を含めた控除は70,000円で、税抜価額に含まれる消費税等100,000円の70%です（当会計算）。経過措置の実務はインボイス経過措置の控除割合と1億円上限で説明しています。

還付申告の審査と調査

【確定】2026年11月11日時点の資料に基づく。この節は、国税庁が公表している事実と、条文だけを書いています。どのような申告が調査の対象になるかの選定基準は、当会が確認した範囲では国税庁は公表していません。

国税庁の説明

国税庁は、消費税の還付申告について、申告書の添付書類や保有する資料情報等に基づいて厳格な審査を行い、申告内容に疑義がある場合には、還付を保留し、実地調査等を行うなどして還付原因等の解明・確認を実施していると説明しています（国税庁「令和6事務年度 所得税及び消費税調査等の状況」（PDF））。法律の面では、消費税法46条1項の還付を受けるための申告書を提出した者は、国税通則法74条の2第1項3号イの質問検査（帳簿書類その他の物件の検査など）の対象にあたります（国税通則法74条の2）。

消費税の還付申告者に対する調査の状況（個人事業者）

出典：国税庁「令和6事務年度 所得税及び消費税調査等の状況」（PDF、2025年12月公表）。令和6事務年度は、令和5年1月1日から12月31日までの課税期間の還付申告を行っている個人事業者のうち、令和6事務年度（令和6年7月〜令和7年6月）に実地調査を行ったものの数値です（令和5事務年度は令和4年の課税期間）。追徴税額には地方消費税（譲渡割額）を含みます。この表は個人事業者についての数値で、法人の数値は同資料にありません。当会が2026年11月11日時点で確認できた最新は令和6事務年度の資料です。事務年度ごとの調査の考え方は無申告者・還付申告者への調査でも説明しています。

審査で税務署に伝わる情報と、保存しておく資料

上の「還付申告に関する明細書」には、主な売上げの取引先と金額、輸出取引の取引先・税関・金融機関・通関業者、主な棚卸資産と固定資産の取引先・取得年月日・金額、課税期間中の特殊事情を書きます。明細書に書く内容の裏付けとして、当会は次の資料を整理して保存しておくことを勧めます。法令で明細書の裏付け資料の保存を直接定めた規定を当会は確認していませんが、仕入れ等の税額の控除には、帳簿と請求書等の保存が要件になっています（消費税法30条7項）。

• 設備投資の契約書・見積書・請求書、取得日と支払日が分かる資料（固定資産台帳など）
• 課税仕入れに係る帳簿と、請求書等（インボイスなど）
• 輸出がある場合は、輸出許可書など輸出免税の証明書類（取引の区分ごとの証明書類）
• 売上げの大きい取引先の請求書と入金の記録

課税事業者になる課税期間の初日の前日に棚卸資産を持っている場合は、その明細書の保存が必要です（棚卸資産の調整）。

還付に関係する、免税事業者に戻れない制度

高額特定資産（税抜1,000万円以上）の仕入れ、自己建設高額特定資産の仕入れ、金または白金の地金等の仕入れ（合計税抜200万円以上）を一般課税の課税期間に行うと、一定期間、免税事業者になれず、簡易課税制度選択届出書も出せなくなります（消費税法12条の4、37条3項、タックスアンサー No.6502）。これらは、事業者免税点制度と簡易課税制度の適用を制限する決まりです。居住用賃貸建物については、高額特定資産などに係る課税仕入れ等の税額の仕入税額控除ができないとする規定があります（No.6502の参考欄）。

よくある質問

改訂履歴

著者：新宿間税会（新宿間税会について）

• 2026年11月11日：公開（同日時点の法令等と、国税庁・財務省の資料、e-Govの法令データに基づく）