インボイス登録申請のやり方:e-Tax・スマホ・郵送の手順と、登録日・取りやめの期限

インボイス(適格請求書)を交付するには、税務署長の登録を受けて「適格請求書発行事業者(インボイス発行事業者)」になる必要があります。登録申請は、e-Taxソフト(WEB版)をパソコンやスマートフォンで使うか、申請書を郵送などで提出して行います。この記事では、申請方法ごとの手順と準備するもの、書面の郵送先、免税事業者が登録するときの「登録希望日」と2年間のルール、登録をやめるときの期限を、2026年9月26日時点の法令と国税庁の資料に基づいて説明します。

要点(2026年9月26日時点)

項目内容
申請の方法e-Taxソフト(WEB版)をパソコンで使う(法人・個人事業者)か、スマートフォン・タブレットで使う(国内の個人事業者のみ)。書面の郵送や、税務署への提出もできます
通知までの目安e-Taxは約1か月、書面は約1.5か月(国税庁、令和8年9月18日時点。期間を保証するものではありません)
書面の郵送先納税地を管轄する業務センター。新宿税務署・四谷税務署の管内は東京国税局大手町業務センター
免税事業者の登録日提出日から15日以降の「登録希望日」から登録を受けられます。2027年1月1日からなら2026年12月17日(木)までに提出します
2年のルール経過措置で登録した免税事業者は、登録日以後2年を経過する日を含む課税期間まで、登録をやめても免税事業者に戻れません(2023年10月1日を含む課税期間に登録した場合を除きます)
登録の取りやめ取消届出書を、翌課税期間の初日から起算して15日前の日までに提出します。2027年1月1日からやめるなら2026年12月17日(木)まで。この日が休日でも延びません

登録後の消費税の計算では、2割特例は2026年9月30日を含む課税期間まで(個人事業者は2026年分が最後)で、個人事業者は2027年分・2028年分に3割特例を選べます(令和8年度税制改正、2026年10月1日施行)。

監修について
本記事は井手政紀税理士(井手政紀税理士事務所/元 新宿税務署長(第84代)/新宿間税会 税理士部会員)の監修内容を反映しています。2026年9月26日、令和8年度税制改正等に合わせて全面改訂し、2026年9月28日に監修者の確認が完了しました。

2026年の手続きの変更(2026年9月26日時点)

  • 2026年7月10日から、全ての税務署が「内部事務のセンター化」の対象になりました。書面の申請書は、納税地を管轄する業務センターへ郵送します(所轄税務署は変わりません)。
  • 2026年10月1日から、税務署の総合窓口の受付時間は原則として9時から15時になります。
目次
  1. インボイス登録とは:登録すると何が変わるか
  2. 申請の方法:e-Tax(パソコン・スマホ)と書面
  3. 申請の前に準備すること
  4. e-Tax(パソコン)で申請する手順
  5. スマートフォン・タブレットで申請する手順(個人事業者)
  6. 書面で申請する手順と郵送先
  7. 免税事業者が登録するときの注意点(登録希望日・2年のルール)
  8. 開業・法人設立・法人成りのときの登録
  9. 申請した後の流れ:通知・登録日・登録後にやること
  10. 登録内容の変更と、登録の取りやめ
  11. よくある質問
  12. 新宿区で申請・相談する方へ
  13. まとめ
  14. 出典・参考資料

インボイス登録とは:登録すると何が変わるか

登録は任意。取引先の仕入税額控除に関わる

【確定・施行済み】インボイスを交付できるのは、登録を受けた適格請求書発行事業者だけです。登録を受けるかどうかは事業者の任意ですが、登録しなければインボイスを交付できないため、取引先(課税事業者)は原則として仕入税額控除を受けられません。一方、消費者や免税事業者に対してはインボイスの交付義務がないため、たとえば顧客が消費者だけであれば、必ずしもインボイスを交付する必要はありません(国税庁 インボイスQ&A 問10)。

登録を受けられるのは課税事業者に限られますが、免税事業者も、経過措置により登録希望日から課税事業者になって登録を受けられます(免税事業者が登録するときの注意点)。登録日以後は、取引先(課税事業者)から求められたら、インボイスを交付する義務があります(問5)。制度の仕組みはインボイス制度の概要で説明しています。

登録番号は「T+13桁」

  • 法人番号を持つ法人:「T」+法人番号(13桁)
  • それ以外(個人事業者、人格のない社団等):「T」+13桁の数字。マイナンバー(個人番号)は使われず、法人番号とも重なりません。
  • 一度付けられた登録番号は変更できません。

根拠は国税庁 インボイスQ&A 問18です。請求書への登録番号の書き方は、インボイス(適格請求書)の記載事項と書き方をご覧ください。

登録すると公表される情報

【確定・施行済み】登録を受けると、国税庁の「適格請求書発行事業者公表サイト」で次の事項が公表されます(インボイスQ&A 問2)。

公表サイトで公表される事項
区分事項
法律で公表が決まっている事項氏名または名称、法人の本店または主たる事務所の所在地、登録番号、登録年月日、登録取消年月日・登録失効年月日(一定の国外事業者は、国内の事務所等の所在地も)
申出をすれば追加で公表できる事項個人事業者の主たる屋号、主たる事務所の所在地等、住民票に併記された通称・旧姓(旧氏)氏名。人格のない社団等の本店または主たる事務所の所在地

個人事業者は氏名が公表されます。個人事業者の住所は、法律で公表が決まっている事項に含まれていません。屋号などを公表したいときは、「適格請求書発行事業者の公表事項の公表(変更)申出書」を、登録申請書とあわせて、または登録後に提出します。通称や旧姓は、氏名に代えて公表するか、氏名と併記して公表するかを選べます(登録申請書の記載要領)。公表サイトでは、取引先の登録番号が取引の時点で有効かどうか(取消しや失効がないか)も確認できます。

申請の方法:e-Tax(パソコン・スマホ)と書面

【運用上の案内】国税庁は、ダウンロードが不要な「e-Taxソフト(WEB版)」での申請を案内しています。画面の質問に答えていく「問答形式」で入力できます。ダウンロード版の「e-Taxソフト」でも申請できます(国税庁 インボイス発行事業者登録申請手続)。

申請方法ごとの違い
方法使える人準備するもの登録通知の受け取り通知までの目安
e-Taxソフト(WEB版)をパソコンで法人・個人事業者電子証明書(マイナンバーカード等)、利用者識別番号電子通知を希望すればe-Tax上で受け取り、希望しなければ書面約1か月
e-Taxソフト(WEB版)をスマートフォン・タブレットで国内の個人事業者のみマイナンバーカード(またはスマートフォンのマイナンバーカード)、利用者識別番号同上約1か月
e-Taxソフト(ダウンロード版)をパソコンで法人・個人事業者電子証明書、利用者識別番号同上約1か月
書面(郵送、税務署の窓口・時間外収受箱)法人・個人事業者登録申請書(国内事業者用)と次葉。免税事業者の個人事業者は本人確認書類書面約1.5か月

通知までの目安は、国税庁「適格請求書発行事業者の登録通知時期の目安について」(令和8年9月18日、PDF)によります。直近の申請・登録の状況から推計した標準的な期間で、今後変わる場合があります。申請書に記載漏れや誤りがあると、さらに時間がかかることがあります。e-Taxであれば、パソコンでもスマートフォンでも目安は同じです。

どの方法を選ぶか

  • 個人事業者:パソコンでもスマートフォン・タブレットでも、e-Taxソフト(WEB版)で申請できます。
  • 法人:パソコンでe-Taxソフト(WEB版)かダウンロード版を使います。スマートフォン・タブレットでは申請できません。
  • 税理士に依頼している場合:税理士が代理で送信できます。この場合、事業者本人の電子証明書は要りません。登録通知も税理士が代理で受け取れます(インボイスQ&A 問2)。
  • 電子証明書を用意できない場合:書面で申請します。通知までの目安はe-Taxより長くなります。

申請の前に準備すること

自分の「事業者区分」を確かめる

【運用上の案内】国税庁は、登録申請書の「事業者区分」の誤りが多いとして、申請の前に確認するよう呼びかけています(国税庁「登録申請手続を行う前に」)。国税庁が示している目安は次のとおりです。

事業者区分目安
課税事業者継続して事業を行っていて、2年前の課税売上高が1,000万円を超える事業者
免税事業者継続して事業を行っていて、2年前の課税売上高が1,000万円以下の事業者(現在は免税事業者で、この申請書の提出によって課税事業者になる人を含みます)
新たに事業を開始した事業者その年に新たに開業した事業者(廃業後、2年を経過せずに事業を再開した場合を除きます)

「2年前」は、個人事業者の場合の基準期間(前々年)です。2年前の課税売上高が1,000万円以下でも、前年1月〜6月(特定期間)の課税売上高などによって課税事業者になる場合があります(国税庁 タックスアンサー No.6501)。課税事業者と免税事業者の違いは、消費税の基本(課税事業者と免税事業者の違い)で説明しています。国税庁の同じページには、事業者区分ごとの作成マニュアル(パソコン用・スマートフォン用)があります。

e-Taxで申請する場合

  • 電子証明書:個人事業者はマイナンバーカード(スマートフォンのマイナンバーカードも使えます)。
  • 利用者識別番号(16桁):まだ持っていない場合は、e-Taxソフト(WEB版)で取得できます。
  • マイナンバーカードの2つのパスワード:e-Taxへのログインに使う利用者証明用電子証明書のパスワード(数字4桁)と、電子署名に使う署名用電子証明書のパスワード(英数字6文字以上16文字以下)。続けて間違えるとロックされます(ログイン用は3回、署名用は5回)(e-Tax「マイナンバーカード方式について」)。
  • カードの読み取り方法(パソコンの場合):ICカードリーダライタか、マイナンバーカードの読み取りに対応したスマートフォン。スマートフォンを使う場合は、「マイナアプリ」でパソコン画面のQRコードを読み取ります(e-Tax「QRコード認証」)。
  • メールアドレスの登録(任意):登録しておくと、登録通知がe-Taxに届いたことをメールで知らせてもらえます。

書面で申請する場合

  • 「適格請求書発行事業者の登録申請書(国内事業者用)」と次葉。国税庁の手続案内「D1-64 適格請求書発行事業者の登録申請手続(国内事業者用)」で、PDFとExcelが公開されています。記載例(個人事業者用・法人用)と、ケース別の申請書を選べるフローチャートも同じページにあります。
  • 免税事業者の個人事業者は、次葉に個人番号を書くため、本人確認書類を提示するか、写しを添付します。マイナンバーカードを持っている人はマイナンバーカード、持っていない人は番号確認書類(通知カードなど)と身元確認書類(運転免許証など)です。法人は個人番号の記載が要りません(登録申請書の記載要領)。

免税事業者は、いつから登録を受けるか(登録希望日)も決めておきます。決め方と期限は、登録希望日と「15日」のルールで説明しています。

e-Tax(パソコン)で申請する手順

  1. 開く:国税庁のインボイス制度特設サイト「インボイス発行事業者登録申請手続」から、個人事業者用または法人用の「e-Taxソフト(WEB版)での登録申請」に進みます。
  2. ログイン:個人事業者は、マイナンバーカードでログインできます。ログイン画面で「ICカードリーダーで読み取り」か「スマートフォンを利用」を選び、「スマートフォンを利用」の場合は、パソコンに表示されたQRコードをスマートフォンのマイナアプリで読み取って、利用者証明用電子証明書のパスワード(数字4桁)を入力します。マイナンバーカードでのログインは個人の利用者に限られるため、法人は、利用者識別番号とパスワードでログインする方法などを使います。
  3. 申請書を選ぶ:「インボイス制度の申請届出等」のメニューから「適格請求書発行事業者の登録申請(国内事業者用)」を選びます。
  4. 入力:画面の質問に答えて入力します。免税事業者は、登録希望日の入力を忘れないようにします。
  5. 送信:入力内容を確認し、電子署名をして送信します。
  6. 受信通知の確認:送信が終わると、メッセージボックスに受信通知が届きます。受信通知で、提出者の氏名・名称、受付番号、受付日時を確認できます(国税庁「令和7年1月からの申告書等の控えへの収受日付印の押なつについて」)。

画面ごとの操作は、特設サイトにある「e-Taxソフト(WEB版)操作マニュアル」で確認できます。申請の後、登録通知を受け取るまでの流れは申請した後の流れで説明しています。

スマートフォン・タブレットで申請する手順(個人事業者)

【運用上の案内】スマートフォン・タブレットでe-Taxソフト(WEB版)を使えるのは、国内の個人事業者に限られます。法人はパソコンで申請します。

  1. 準備:マイナンバーカードと、マイナンバーカードの読み取りに対応したスマートフォンを用意し、カードの読み取りに使うアプリ(e-Taxの案内では「マイナアプリ」)を入れておきます。スマートフォンのマイナンバーカード(スマホ用電子証明書)を搭載している場合は、カードを読み取らずに使えます。タブレットの場合は、タブレットに表示されたQRコードをスマートフォンのマイナアプリで読み取る方法も使えます。
  2. ログイン:特設サイトから個人事業者用のe-Taxソフト(WEB版)を開き、マイナンバーカードでログインします(利用者証明用電子証明書のパスワード、数字4桁)。利用者識別番号を持っていない場合は、画面に従って利用者情報を登録します。
  3. 入力:「適格請求書発行事業者の登録申請(国内事業者用)」を選び、質問に答えて入力します。免税事業者は登録希望日を入力します。
  4. 送信:内容を確認し、電子署名をして送信します。
  5. 受信通知の確認:メッセージボックスで受信通知を確認します。

パソコンの場合と同じく、通知までの目安は約1か月です。事業者区分ごとのスマートフォン用の作成マニュアルは、国税庁の「登録申請手続を行う前に」のページにあります。

書面で申請する手順と郵送先

申請書の入手

記入で間違えやすい欄

  • 事業者区分:申請書を提出する時点の区分を記入します(事業者区分の目安)。
  • 次葉「免税事業者の確認」欄:経過措置で登録を受ける免税事業者は、「a」欄に1を記入し、個人番号(法人は不要)、生年月日(法人は設立年月日)、事業年度と資本金(法人のみ)、登録希望日を書きます。登録希望日は、提出日から15日後以降の日です。
  • 控えの個人番号:申請書の控えを保管するときは、控えに個人番号を書かないなど、取扱いに注意するよう案内されています。

記入のしかたは、国税庁の登録申請書(国内事業者用)及び次葉の記載要領(PDF)と、D1-64の記載例で確認できます。

提出先(2026年7月10日から)

【運用上の案内】書面の申請書は、納税地を管轄する「業務センター」へ郵送します(国税庁 D1-64、特設サイト)。

提出方法提出先
郵送納税地を管轄する業務センター。新宿税務署・四谷税務署の管内は東京国税局大手町業務センター(〒100-8156 東京都千代田区大手町1丁目3番3号 大手町合同庁舎3号館)
持参所轄税務署の窓口か時間外収受箱。業務センターとインボイス登録センターには受付窓口がなく、書類を持ち込むことはできません

国税庁のインボイスQ&A 問2(令和7年4月改訂)には、郵送先を「各国税局のインボイス登録センター」とする記述が残っています。ただ、問2が提出先の確認先として案内している東京国税局「東京国税局インボイス登録センターのご案内」でも、登録申請書などインボイス関係の書類の送付先は業務センターとされています(2026年9月26日確認)。インボイス登録センターは、申請書の入力や電話照会の事務をまとめて行う部署です。郵送の前に、国税庁や東京国税局の最新の案内を確認してください。

控えと提出日の記録

令和7年1月から、提出した申告書等の控えには収受日付印が押されません。書面で提出するときは正本(提出用)だけを出し、必要に応じて自分で控えを作って、提出日を記録しておきます。当分の間は、窓口で希望すれば受付日と税務署名を書いたリーフレットを受け取れます。郵送の場合も、切手を貼った返信用封筒を同封すれば、日付と税務署名(業務センター名)を書いたリーフレットが返送されます(国税庁「令和7年1月からの申告書等の控えへの収受日付印の押なつについて」)。

免税事業者が登録するときの注意点(登録希望日・2年のルール)

登録希望日と「15日」のルール

【確定・施行済み】免税事業者は、原則として「消費税課税事業者選択届出書」を出して課税事業者にならなければ登録を受けられません。ただし、2023年(令和5年)10月1日から2029年(令和11年)9月30日までの日を含む課税期間中に登録を受ける場合は、登録申請書に「登録希望日」(提出日から15日以降の日)を書けば、その日から登録を受けて課税事業者になる経過措置があります。この場合、課税事業者選択届出書は要りません(平成28年改正法附則44条4項、インボイスQ&A 問7)。

  • 登録希望日は、提出日から15日以降の日でなければなりません。言い換えると、登録を受けたい日の15日前の日までに提出します。提出が遅れれば、選べる登録希望日も後ろにずれます。
  • 税務署の登録の処理が登録希望日より後になっても、登録希望日に登録を受けたものとみなされます。
  • 個人事業者の課税期間は暦年なので、2029年9月30日を含む課税期間は2029年分です。個人事業者は、2029年12月31日までの日を登録希望日にできます。
  • この経過措置で登録を受けると、基準期間の課税売上高にかかわらず、登録日からその課税期間の末日までの取引について消費税の申告が必要です。
登録希望日と提出の期限(当会計算)
登録希望日登録申請書の提出期限
2026年12月1日(火)2026年11月16日(月)
2027年1月1日(金)2026年12月17日(木)
2027年4月1日(木)2027年3月17日(水)

国税庁の手続案内(D1-64)の例では、2024年2月1日を登録希望日にする場合の提出期限は2024年1月17日です。表は同じ数え方で当会が計算しました。

経過措置の期間が終わった後の課税期間(個人事業者なら2030年分以後)に免税事業者が登録を受けるには、原則どおり課税事業者選択届出書を出します。課税事業者になる課税期間の初日から登録を受けたい場合は、その初日から起算して15日前の日までに登録申請書を出す必要があります(国税庁 D1-64、インボイスQ&A 問7)。

登録日から課税事業者になり、原則として2年間は免税事業者に戻れない

【確定・施行済み】経過措置で登録を受けた免税事業者は、登録日の翌課税期間から「登録日以後2年を経過する日」を含む課税期間までは、免税事業者になれません。登録を取りやめても同じです。ただし、登録日を含む課税期間が2023年10月1日を含む場合(個人事業者なら2023年中に登録した場合)は、このルールの対象外です(平成28年改正法附則44条5項、インボイスQ&A 問13-2)。

2年のルールの例(個人事業者、当会計算)
登録日登録日以後2年を経過する日免税事業者に戻れない期間
2026年12月1日2028年11月30日2028年分まで
2027年1月1日2028年12月31日2028年分まで
2027年4月1日2029年3月31日2029年分まで

国税庁のインボイスQ&A 問13-2は、2024年4月1日に登録した個人事業者は2026年分まで、2026年10月1日に登録し直した場合は2028年分まで免税事業者になれないという例を示しています。表は同じ数え方で当会が計算しました。

登録した後の消費税の計算方法

登録して課税事業者になると、消費税の申告が必要です。計算方法は次の4つで、使えるかどうかは課税期間ごとの要件で決まります。

方法納付税額使える期間・主な要件事前の届出
一般課税売上税額 − 仕入税額制限なし不要
簡易課税売上税額 ×(1 − みなし仕入率)
みなし仕入率は業種により90%〜40%
基準期間の課税売上高が5,000万円以下消費税簡易課税制度選択届出書(原則として適用を受ける課税期間の初日の前日まで)
2割特例売上税額 × 20%2026年9月30日を含む課税期間まで(個人事業者は2026年分が最後)。基準期間の課税売上高が1,000万円以下など不要(申告書に付記)
3割特例売上税額 × 30%個人事業者のみ。2027年分・2028年分。基準期間の課税売上高が1,000万円以下など不要(申告書に付記)
  • 経過措置で登録を受けた免税事業者は、登録日を含む課税期間中に消費税簡易課税制度選択届出書を出せば、その課税期間から簡易課税を使えます(インボイスQ&A 問9)。
  • みなし仕入率から計算すると、卸売業(第1種)と小売業など(第2種)は簡易課税のほうが3割特例より納付税額が少なく、第3種は同じ、第4種〜第6種は3割特例のほうが少なくなります。

計算例(課税売上高(税込)550万円、消費税率10%のサービス業、当会計算):課税標準額は5,500,000円 × 100/110 = 5,000,000円(千円未満切捨て後も同額)、消費税額(国税)は5,000,000円 × 7.8% = 390,000円です。ここから、方法ごとの納付税額(国税と、地方消費税=国税 × 22/78 の合計)を計算すると、次のとおりです。

課税標準額 5,500,000 × 100/110 = 5,000,000円 → 消費税額(国税) 5,000,000 × 7.8% = 390,000円
納付税額の比較(課税売上高550万円のサービス業の例、当会計算)円
方法国税地方消費税合計
2割特例78,00022,000100,000
3割特例117,00033,000150,000
簡易課税(第5種、みなし仕入率50%)195,00055,000250,000

業種によって結果は変わります。たとえば第1種(みなし仕入率90%)の簡易課税では、国税39,000円・地方消費税11,000円の合計50,000円になり、この例では3割特例より少なくなります(国税庁 令和8年度税制改正特集も、業種によっては簡易課税のほうが有利な場合があると注意しています)。一般課税は実際の仕入れの消費税額によって納付税額が変わるため、この例では示していません。端数処理の細部は省略しています。

それぞれの要件と計算例は、消費税の2割特例(いつまで使えるか・要件・計算)、3割特例(個人事業者の2027年分・2028年分)、簡易課税制度(事業区分とみなし仕入率)で説明しています。税額の計算の基本は消費税の計算方法をご覧ください。

登録しない場合の取引先への影響(控除割合の経過措置)

【確定(2026年10月1日施行)】登録していない事業者(免税事業者など)から仕入れた取引先は、インボイスがないため原則として仕入税額控除を受けられませんが、経過措置により仕入税額相当額の一定割合を控除できます。この割合は、令和8年度税制改正(2026年10月1日施行)で次のとおり見直されました(国税庁 令和8年度税制改正特集)。

仕入れの時期控除できる割合
2023年10月1日〜2026年9月30日80%
2026年10月1日〜2028年9月30日70%
2028年10月1日〜2030年9月30日50%
2030年10月1日〜2031年9月30日30%
2031年10月1日以後控除できない

同じ仕入先からの仕入れが、年(法人は事業年度)で税込1億円(改正前は10億円)を超える場合、超えた部分にはこの経過措置を使えません(2026年10月1日以後に開始する課税期間から)。判定の時期や帳簿の書き方は、免税事業者等からの仕入れの経過措置(70%控除と1億円上限)で説明しています。登録するかどうかは、取引先が課税事業者か消費者か、登録した後の消費税の負担と事務の手間などを比べて判断することになります。

【閣議決定・法案未成立】飲食料品の税率引下げと登録

2026年9月15日に、飲食料品の消費税率を2027年4月1日から2029年3月31日までの2年間1%にする大綱が閣議決定されました。法案はまだ成立しておらず、確定した内容ではありません。国税庁が法案成立を前提として公表したQ&A(令和8年9月)の問3-4は、飲食料品を売る免税事業者の個人事業者が現行の登録の経過措置で2027年4月1日から課税事業者になる場合、2027年3月17日までに登録希望日を2027年4月1日とした登録申請書を出すこと、この場合は2年のルールにより2029年分まで課税事業者になることを説明しています(国税庁「飲食料品に係る2年間の消費税率引下げに関するQ&A」(PDF))。改正案の状況は、軽減税率の記事の「飲食料品を1%にする改正案の状況」と、国税庁 消費税率引下げ特設サイトで確認できます。

開業・法人設立・法人成りのときの登録

  • 【確定・施行済み】新たに事業を始めた事業者は、事業を始めた日を含む課税期間の末日までに、「課税期間の初日から登録を受けようとする旨」を書いた登録申請書を出せば、その課税期間の初日に登録を受けたものとみなされます(インボイスQ&A 問11)。
  • 個人事業者の「課税期間の初日」は、事業を始めた年の1月1日です。開業した日ではありません(国税庁 インボイス発行事業者登録申請手続)。
  • 課税期間の末日が土日祝日や12月29日〜31日に当たっても、その日までに提出しなければこの特例は受けられません(インボイスQ&A 問11)。
  • 新しく設立した法人が免税事業者の場合は、課税期間の末日までに課税事業者選択届出書と登録申請書をあわせて出すか、免税事業者の登録の経過措置を使います。経過措置を使う場合も、登録申請書に「課税期間の初日から登録を受けようとする旨」を書けば、設立した課税期間の初日にさかのぼって登録を受けたものとみなされます(インボイスQ&A 問11)。
  • 法人成り:法人の登録番号は「T」+法人番号なので、個人事業者のときの登録番号は法人では使えません。法人として新たに登録申請をし、個人事業者としては「事業廃止届出書」を出します(個人事業も続ける場合を除きます)。事業廃止届出書を出すと、事業を廃止した日の翌日に個人事業者の登録の効力がなくなります(インボイスQ&A 問11・問14・問18)。

個人事業者が納める税金の全体像は、個人事業主の税金で説明しています。

申請した後の流れ:通知・登録日・登録後にやること

登録通知までの目安と問い合わせ先

登録通知までの目安は、e-Taxで約1か月、書面で約1.5か月です(詳しくはよくある質問を参照)。目安を過ぎても通知がない場合は、各国税局の「インボイス登録センター」に問い合わせます。東京都は東京国税局インボイス登録センター(03-6661-8290)の管轄です。提出した登録申請書の記載に誤りがあった場合も、インボイス登録センターに連絡します。インボイスコールセンターや電話相談センターでは、登録番号の確認や申請書の処理状況には答えられません(国税庁「各局(所)インボイス登録センターのご案内」、東京国税局「東京国税局インボイス登録センターのご案内」、2026年9月26日確認)。

登録通知の受け取り方

  • e-Taxで提出し、電子での通知を希望した場合:e-Taxのメッセージボックスの「通知書等一覧」に、登録通知書のデータが格納されます。メールアドレスを登録しておけば、格納されたことをメールで知らせてもらえます。データは書面に出力したり、PDFで保存したりできます。
  • それ以外の場合:登録番号などが書かれた登録通知書が書面で送られてきます。
  • 登録通知書は再発行されません。大切に保管してください(インボイスQ&A 問3)。

登録日から通知が届くまでの請求書

【確定・施行済み】登録の効力は、通知を受けた日ではなく、適格請求書発行事業者登録簿に登載された日(登録日)から生じます(インボイスQ&A 問5)。登録日から通知を受けるまでの間に交付した請求書は、通知を受けた後に、登録番号など不足している事項を書面等で相手に知らせれば、先に交付した請求書とあわせてインボイスの記載事項を満たすことができます(インボイスQ&A 問36)。

登録した後にやること

  • 取引先に登録番号と登録日を知らせます。
  • 請求書・領収書の様式を、インボイスの記載事項を満たすものに変えます(インボイスの記載事項と書き方)。
  • 国税庁の公表サイトで、自分の氏名・名称、登録番号、登録年月日が正しく公表されているかを確認します。
  • 会計ソフトや請求書を作るソフトに、登録番号を設定します。
  • 消費税の申告に備えて、売上を税率ごとに集計し、計算方法(一般課税・簡易課税・2割特例・3割特例)を検討します。e-Taxでの申告のしかたは、e-Taxで消費税の確定申告をする方法で説明しています。

登録を受けた課税期間の翌課税期間以後は、登録を続けている限り、基準期間の課税売上高が1,000万円以下になっても免税事業者にはなりません(登録申請書の記載要領)。

登録内容の変更と、登録の取りやめ

登録内容が変わったとき

変わったこと出す書類・連絡先
氏名・名称、法人の本店または主たる事務所の所在地など、登録簿に載っている事項適格請求書発行事業者登録簿の登載事項変更届出書(法人が名称や所在地の変更で異動届出書を出した場合は不要)
屋号、個人事業者の主たる事務所の所在地、通称・旧姓など、申出で公表している事項適格請求書発行事業者の公表事項の公表(変更)申出書
提出済みの登録申請書の記載の誤りインボイス登録センターに連絡

出典は、登録申請書の記載要領、e-Tax「インボイス制度の申請届出等を行う」、国税庁「各局(所)インボイス登録センターのご案内」です。

登録をやめるとき:取消届出書の期限

【確定・施行済み】「適格請求書発行事業者の登録の取消しを求める旨の届出書」を所轄税務署長に出すと、原則として、提出した日を含む課税期間の翌課税期間の初日に登録の効力がなくなります。ただし、翌課税期間の初日から起算して15日前の日を過ぎて出した場合は、翌々課税期間の初日になります(消費税法57条の2第10項1号、消費税法施行令70条の5第3項、インボイスQ&A 問13)。

この「15日前の日」は提出期限ではないため、土曜日・日曜日・祝日や12月29日〜31日に当たっても、翌日には延びません(インボイスQ&A 問13)。

登録をやめたい日と取消届出書の期限(当会計算)
登録をやめたい日(翌課税期間の初日)取消届出書を出す期限
2027年1月1日(個人事業者・12月決算の法人)2026年12月17日(木)
2027年4月1日(3月決算の法人)2027年3月17日(水)
2028年1月1日(個人事業者・12月決算の法人)2027年12月17日(金)
2029年1月1日(個人事業者・12月決算の法人)2028年12月17日(日)。日曜日ですが、18日には延びません

国税庁のインボイスQ&A 問13は、3月決算の法人が4月1日から登録をやめる場合の期限を3月17日としています。表は同じ数え方で当会が計算しました。東京国税局の案内では、取消届出書を郵送する場合の送付先も、登録申請書と同じ業務センターです(東京国税局「東京国税局インボイス登録センターのご案内」)。

  • 経過措置で登録した免税事業者は、登録をやめても、2年のルールの期間は課税事業者です。
  • 登録をやめても、基準期間の課税売上高が1,000万円を超えるなど、もともと免税事業者にならない課税期間は課税事業者のままです。
  • 課税事業者選択届出書を出していた事業者が免税事業者に戻るには、別に「消費税課税事業者選択不適用届出書」を、免税事業者になりたい課税期間の初日の前日までに出す必要があります(インボイスQ&A 問13)。
  • 登録の効力がなくなった日以後は、インボイスを交付できません。取引先の仕入税額控除は、控除割合の経過措置の範囲になります。

事業をやめたとき

事業を廃止したときは「事業廃止届出書」を出します。登録の効力は、事業を廃止した日の翌日になくなります。法人が合併で消滅したときは「合併による法人の消滅届出書」を出し、消滅した日に登録の効力がなくなります(インボイスQ&A 問14)。

よくある質問

マイナンバーカードがなくても申請できますか。

できます。e-Taxで申請するにはマイナンバーカードなどの電子証明書が必要ですが、税理士が代理で送信する場合は、事業者本人の電子証明書は要りません。書面の申請書を郵送するか、所轄税務署の窓口や時間外収受箱に提出する方法もあります。書面の場合、免税事業者の個人事業者は、マイナンバーカードの代わりに番号確認書類と身元確認書類で本人確認をします。〔インボイスQ&A 問2、登録申請書の記載要領〕

新宿税務署で申請書を出したり、相談したりできますか。

書面の申請書は、所轄税務署の窓口(総合窓口)か時間外収受箱に提出できます。総合窓口の受付時間は、2026年10月1日から原則として9時から15時になります。郵送する場合、新宿税務署の管内は東京国税局大手町業務センターへ送ります。個別の相談は予約制で、新宿税務署の代表番号(03-6757-7776)に電話し、音声案内で「2」を選びます。〔国税庁 新宿税務署、国税庁 税務署総合窓口の受付時間〕

申請してから登録通知が届くまで、どれくらいかかりますか。

国税庁の目安(令和8年9月18日時点)は、e-Taxで提出した場合は約1か月、書面で提出した場合は約1.5か月です。直近の状況から推計した標準的な期間で、期間を保証するものではありません。申請書に記載漏れや誤りがあると、さらに時間がかかることがあります。目安を過ぎても通知がない場合は、インボイス登録センター(東京都は東京国税局インボイス登録センター)に問い合わせます。〔国税庁 登録通知時期の目安について〕

登録日から通知が届くまでの間に出した請求書はどうなりますか。

登録の効力は、通知を受けた日ではなく登録日から生じます。登録日から通知を受けるまでの間に交付した請求書は、通知を受けた後に、登録番号など不足している事項を書面等で相手に知らせれば、先に交付した請求書とあわせてインボイスの記載事項を満たすことができます。〔インボイスQ&A 問5・問36〕

登録番号が分からなくなったときや、登録通知書をなくしたときはどうすればよいですか。

登録通知書は再発行されません。自分の登録番号を確認したいときは、インボイス登録センターに問い合わせます。e-Taxで電子での通知を希望した場合は、e-Taxの通知書等一覧で確認できます。法人の登録番号は「T」に法人番号を付けたものです。〔インボイスQ&A 問3・問4〕

申請書の記載を間違えたとき、登録後に名称や所在地が変わったときはどうすればよいですか。

提出した登録申請書の記載の誤りに気づいたときは、インボイス登録センターに連絡します。登録後に氏名・名称や法人の本店所在地など登録簿に載っている事項が変わったときは「適格請求書発行事業者登録簿の登載事項変更届出書」を、屋号など申出によって公表している事項を変えるときは「適格請求書発行事業者の公表事項の公表(変更)申出書」を出します。〔国税庁 各局(所)インボイス登録センターのご案内、登録申請書の記載要領〕

登録をやめるには、いつまでに何を出せばよいですか。

「適格請求書発行事業者の登録の取消しを求める旨の届出書」を、登録をやめたい日(翌課税期間の初日)から起算して15日前の日までに出します。2027年1月1日からやめる個人事業者は、2026年12月17日までです。15日前の日が土日祝日でも、翌日には延びません。経過措置で登録した免税事業者は、登録をやめても、登録日以後2年を経過する日を含む課税期間までは免税事業者に戻れません。〔インボイスQ&A 問13・問13-2〕

個人事業者が法人成りした場合、登録番号は引き継げますか。

引き継げません。法人の登録番号は「T」に法人番号を付けたものになるため、法人として新たに登録申請をします。設立した課税期間の末日までに「課税期間の初日から登録を受けようとする旨」を書いた登録申請書を出せば、設立した課税期間の初日にさかのぼって登録を受けたものとみなされます。免税事業者の法人は、課税事業者選択届出書をあわせて出すか、免税事業者の登録の経過措置を使います。個人事業者としては、事業廃止届出書を出します。〔インボイスQ&A 問11・問18〕

登録すると氏名は公表されますか。屋号でも公表できますか。

個人事業者は氏名が公表されます。法律で公表が決まっているのは、氏名または名称、法人の本店または主たる事務所の所在地、登録番号、登録年月日などで、個人事業者の住所は含まれていません。屋号や事務所の所在地は、「適格請求書発行事業者の公表事項の公表(変更)申出書」を出せば、追加で公表できます。住民票に併記された通称や旧姓は、氏名に代えて、または氏名と併記して公表できます。〔インボイスQ&A 問2〕

今から登録しても2割特例は使えますか。

2割特例は2026年9月30日を含む課税期間までなので、個人事業者が2026年中の日を登録希望日にして登録すれば、2026年分は原則として使えます。たとえば2026年12月1日を登録希望日にする場合は、2026年11月16日までに提出します。この場合、2年のルールにより2028年分までは免税事業者に戻れず、2027年分と2028年分は、要件を満たせば3割特例を使えます。個人事業者が2027年1月1日以後に登録した場合は、2割特例は使えません。〔国税庁 令和8年度税制改正特集、インボイスQ&A 問7〕

新宿区で申請・相談する方へ

項目内容(2026年9月26日確認)
所轄の税務署新宿税務署(〒169-8561 東京都新宿区北新宿1丁目19番3号)の管轄は、新宿区のうち新宿地区です。四谷・牛込地区は四谷税務署の管轄です。
書面の郵送先どちらの管内も東京国税局大手町業務センター(〒100-8156 東京都千代田区大手町1丁目3番3号 大手町合同庁舎3号館)。国税庁の各税務署のページでは、宛名を「東京国税局大手町業務センター(新宿税務署)」「同(四谷税務署)」としています。
窓口に出す場合所轄税務署の総合窓口か時間外収受箱。総合窓口の受付時間は、2026年10月1日から原則として9時から15時になります(開庁時間は8時30分から17時)。
一般的な質問消費税軽減税率・インボイスコールセンター 0120-205-553(9時から17時、土日祝日と年末年始を除く)
個別の相談予約制。新宿税務署の代表番号 03-6757-7776 に電話し、音声案内で「2」を選びます。
処理状況・登録番号の確認東京国税局インボイス登録センター 03-6661-8290(通知までの目安を過ぎた場合)

出典は、国税庁「新宿税務署」、国税庁「四谷税務署」、東京国税局「東京国税局業務センターのご案内」、東京国税局「東京国税局インボイス登録センターのご案内」です。

税理士会や新宿区役所の無料相談も含めた窓口の一覧は、新宿で税金の相談をしたいとき(公的な相談窓口の案内)にまとめています。新宿間税会は、個別の税務相談には応じていません。

まとめ

  • 登録申請は、e-Taxソフト(WEB版)をパソコンで(法人・個人事業者)、スマートフォン・タブレットで(国内の個人事業者のみ)使うか、書面で行います。通知までの目安は、e-Taxで約1か月、書面で約1.5か月です(令和8年9月18日時点)。
  • 書面の郵送先は、納税地を管轄する業務センターです。新宿税務署・四谷税務署の管内は東京国税局大手町業務センターです。
  • 免税事業者は、提出日から15日以降の登録希望日から登録を受けられます(2029年9月30日を含む課税期間まで)。2027年1月1日から登録するなら2026年12月17日までに提出します。
  • 経過措置で登録した免税事業者は、登録日以後2年を経過する日を含む課税期間まで、登録をやめても免税事業者に戻れません。
  • 登録をやめるときは、翌課税期間の初日から起算して15日前の日までに取消届出書を出します。この日は休日でも延びません。

出典・参考資料

いずれも2026年9月25日・26日に内容を確認しました。

国税庁 登録申請の手続

国税庁 インボイスQ&A

国税庁 業務センター・税務署・e-Tax

令和8年度税制改正・法令

閣議決定の段階の資料(法案未成立)

改訂履歴と監修について

著者:新宿間税会(新宿間税会について)

  • 2025年7月4日:公開
  • 2026年9月25日:誤りを訂正(書面の提出先を業務センターに、控えへの受付印の扱い、スマートフォンでの申請手順、取消届出書の名称と期限、登録日の扱い、問い合わせ先)
  • 2026年9月26日:全面改訂(登録希望日と15日のルール、2年のルール、公表事項、登録番号の構成、登録の取りやめの期限、開業・法人成りの場合、登録内容の変更、新宿区の窓口の案内を追加。令和8年度税制改正(3割特例、控除割合の経過措置の見直し)を反映。図をHTMLの表に置き換え、根拠を確認できない所要時間・機器の価格・手数料の記述を削除)

監修の状況は、冒頭の「監修について」のとおりです。

本記事は一般的な情報提供を目的としています。個別の税務判断については、税理士などの専門家や、所轄の税務署にご相談ください。

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