運輸・物流業の消費税とインボイス：軽油引取税15円の扱い、国際輸送の免税、外注ドライバーの70%控除

運輸・物流業の取引と消費税の区分

【確定】消費税では、取引を課税、免税（輸出免税）、非課税、課税の対象外（不課税）に分けます。運輸・物流業でよく出てくる取引を分けると、次のとおりです。仕入れ側の区分によって控除できる額が変わるのは一般課税で申告する場合で、簡易課税・2割特例・3割特例では、納付税額は売上げの消費税額から計算します。

「No.」は国税庁のタックスアンサーの番号です。「手引き」は、国税庁「令和7年分 消費税及び地方消費税の確定申告の手引き 個人事業者用（一般用）」の課税売上げの説明と、46ページの科目別の課否判定表です。燃料サーチャージの行は、対価の額を課税標準とする消費税法28条1項に当てはめた当会の整理です。「傭車」は、自社の運送を他の運送会社の車両に委託することをいいます。

倉庫業・3PL契約に特有の論点

【確定】非課税になる不動産の貸付けは、土地だけをそのまま貸す土地の貸付け（貸付期間が1か月以上のもの）と、住宅の貸付け（同じく1か月以上）に限られます（消費税法別表第二、国税庁 タックスアンサー No.6226）。倉庫の建物や区画を貸す取引、棚・ラック・フェンスなどの設備を整えて貸す取引は、これらに当たらない施設の貸付けとして課税です。駐車場の使用料と同じ考え方で、地面の整備や建物の設置をして利用させる場合は消費税が課されます（国税庁 タックスアンサー No.6213）。

3PL（一括物流委託）契約のように、保管・荷役・仕分け・配送・通関手続きなどをまとめて請け負う契約も、その対価は原則として課税です。ただし、指定保税地域等にある輸出しようとする貨物や、輸入の許可を受ける前の外国貨物の荷役・運送・保管は免税になります（「国際輸送の輸出免税」の章で説明しています）。同じ倉庫で国内向けの保管と輸出入貨物の保管を両方行っている場合は、契約や請求書で対象の貨物ごとに対価を区分しておくと、免税と課税の判定がしやすくなります（当会の整理）。

軽油引取税：2026年4月から1Lあたり15円、消費税の対象外になる条件

税率は1klあたり15,000円（2026年4月1日から）

【確定・2026年4月1日施行】軽油引取税の当分の間税率（旧暫定税率）は、2026年4月1日に廃止されました（財務省「令和8年度税制改正の大綱」、東京都主税局「軽油引取税の当分の間税率（旧暫定税率）の廃止について」）。

1Lあたりの額と、引下げ幅の1Lあたり17.1円は、当会で換算しました。

軽油引取税は都道府県の税で、元売業者または特約業者から軽油を現実に引き取った人などに課されます。元売業者・特約業者（特別徴収義務者）は、代金と一緒に税金を預かり、1か月分をまとめて翌月末日までに申告して納めます（東京都主税局「軽油引取税」）。運送事業者は、軽油を買う側として軽油引取税を負担しています。

消費税では、区分されていれば課税標準に含まれない

【確定】国税庁のタックスアンサー No.6313と消費税法基本通達10-1-11は、個別の税金を次のように分けています。

次の場合は、軽油引取税の部分も課税標準に含まれます（No.6313）。

• 軽油引取税に相当する金額が明確に区分されていない場合
• 特別徴収義務者に当たらないサービス・ステーション等が販売する場合（特約店等から販売の委託を受けたサービス・ステーション等が販売する場合は、課税標準に含まれません）

このため、軽油の請求書や領収書で、本体価格、消費税、軽油引取税が分かれているかを確認します。会計ソフトでは、軽油引取税の部分を「対象外（不課税）」などの区分で入力し、本体価格と消費税の部分と分けて記帳します。酒税などが課税標準に含まれる理由は、酒税の解説の「酒税は消費税の課税標準に含まれる」でも説明しています。

当会の計算例（架空の設例）：軽油500Lを買った場合

軽油500Lを、本体価格1Lあたり130円（消費税と軽油引取税を除いた価格で、説明のための仮の単価です）で特約業者から買い、請求書で内訳が区分されている場合です。

一般課税で控除の計算に入れる課税仕入れの額（税込）は71,500円で、国の消費税分は71,500円 × 7.8/110 ＝ 5,070円です。軽油引取税の7,500円は入れません。同じ500Lを2026年3月31日以前に引き取っていれば、軽油引取税は500L × 32.1円 ＝ 16,050円で、今より8,550円多くなります。

荷主から受け取る燃料サーチャージ

運賃に加えて受け取る燃料サーチャージは、運送の対価の一部です。国内の運送なら課税、国際輸送の運賃の一部なら免税で、運賃本体と同じ扱いになります（消費税法28条1項）。No.6313で課税標準に含めないとされているのは、特別徴収義務者が利用者から預かる軽油引取税そのものです。運送事業者が燃料費の変動分などの名目で運賃に上乗せする金額は、これに当たりません（当会の整理）。

国際輸送の輸出免税：免税になる輸送とならない輸送

【確定】国内と国外にわたって行われる貨物の輸送は、消費税が免除されます（消費税法7条1項3号）。免税の売上げには消費税がかかりませんが、その売上げのための仕入れの消費税は控除できます。輸出免税が適用されるのは課税事業者の取引で、免税事業者の取引には適用されません（同項）。どの輸送が免税になるかは、消費税法基本通達 第7章第2節で次のように整理されています。

「基通」は消費税法基本通達です。外国貨物の定義は関税法2条1項3号によります。指定保税地域等の中での作業と、そこから外へ運ぶ運送とで扱いが分かれることがあるため、契約と作業の内容で確認します。基通7-2-2(2)は「輸出取引を行う事業者に対して行う国内での資産の譲渡等」が輸出免税の対象にならないと定めるもので、運送を名指ししたものではありませんが、資産の譲渡等には役務の提供を含むため（消費税法2条1項8号）、国内区間だけの運送もこれに当たります。

同じ車両に輸出向けの貨物と国内向けの貨物を載せる場合も、免税かどうかは請け負った輸送ごとに、契約の内容で判定します。請求書と帳簿では、免税の運賃と課税の運賃を分けておきます。輸出取引全般の要件や還付の手続きは、輸出入と消費税で説明しています。

免税を受けるための帳簿・書類

【確定】国際輸送の免税を受けるには、次の事項を記載した帳簿または書類を整理し、その取引をした日の属する課税期間の末日の翌日から2か月を経過した日から7年間、納税地などに保存します（消費税法施行規則5条1項3号、基通7-2-23(2)）。

• 役務の提供をした年月日（課税期間内の一定の期間分をまとめて作る場合は、その期間）
• 提供した役務の内容
• 役務の提供の対価の額
• 相手方の氏名または名称と住所等

外国貨物の荷役・運送・保管などは、相手方との契約書その他の書類で、自社と相手方の氏名または名称・住所等、年月日、内容、対価の額が記載されたものを保存します（同項4号）。どちらも、法令は記載する事項を定めていて、書類の種類は指定していません。

課税売上割合：国際輸送の売上げは割合を下げない

【確定】一般課税では、課税期間の課税売上高が5億円以下で、課税売上割合が95%以上なら、課税仕入れの消費税を全額控除できます。どちらかに当てはまらない場合は、個別対応方式か一括比例配分方式で、課税売上げに対応する部分だけを控除します。課税期間が1年に満たない場合、5億円の判定は年換算した金額で行います（国税庁 タックスアンサー No.6401）。

• 国際輸送などの輸出免税の売上げは、分子と分母の両方に入ります（No.6405）。
• 受取利息や、従業員に社宅として貸す住宅の家賃などの非課税売上げは、分母だけに入ります。
• 保険金、損害賠償金、補助金などの不課税の収入は、分子にも分母にも入りません。
• 保険料などの支払いは、割合の計算に関係しません。

当会の計算例（架空の設例）：国際輸送がある運送会社

3月決算の法人で、一般課税で申告する場合です。国内の運送収入（税込）2億2,000万円、国際輸送の運賃（免税）1億円、受取利息50万円、車両事故の保険金200万円、課税仕入れ（税込）1億1,000万円（インボイス発行事業者への傭車費7,700万円、軽油引取税を除く軽油代2,750万円、修理費など550万円）とします。

仕入れの消費税は、税込の仕入額から割り戻して計算しています。申告での計算の手順は、消費税の計算方法の「事業者が納める消費税額の計算」で説明しています。

仕入れが同じで、国内の運送収入（税込）が5,500万円、国際輸送の運賃が2億5,000万円だった場合は、⑤の消費税額が3,900,000円、⑥の控除対象仕入税額が7,800,000円になり、控除しきれない3,900,000円と地方消費税分の1,100,000円（3,900,000 × 22/78）、合計5,000,000円が還付されます。課税売上割合は同じ約99.8%です。還付を受けられるのは一般課税で申告した場合です。簡易課税・2割特例・3割特例では、控除する額を売上げの消費税額に一定の割合を掛けて計算するため、原則として還付にはなりません。

保険料・保険金・車検費用の扱い

【確定】保険料を対価とする役務の提供は非課税です（国税庁 タックスアンサー No.6201）。事故で受け取る保険金や共済金は、資産の譲渡などの対価ではないため、消費税の課税の対象外（不課税）です（No.6157）。

根拠：No.6201（保険料、印紙、国等が法令に基づいて行う検査・登録などの手数料）、No.6157（保険金・共済金、損害賠償金）、国税庁「令和7年分 消費税及び地方消費税の確定申告の手引き 個人事業者用（一般用）」46ページの科目別の課否判定表（租税公課、損害保険料、運送保険料、行政手数料、損害賠償金、修繕費）。

保険料が多くても、課税売上割合は売上げだけで計算するため、割合は変わりません。保険料・税金・行政手数料を課税仕入れに含めて控除すると、控除のしすぎになります。

外注ドライバー・傭車先との取引とインボイス

【確定】一般課税で傭車費や個人ドライバーへの委託料の消費税を控除するには、原則として、相手方が交付したインボイス（適格請求書）と帳簿の保存が必要です（消費税法30条7項）。相手方がインボイス発行事業者でない場合は、次の経過措置の範囲で控除します。インボイス制度の全体はインボイス制度の概要で説明しています。

免税事業者などからの仕入れの経過措置（2026年10月から70%）

【確定・2026年10月1日施行】インボイス発行事業者以外の者（消費者、免税事業者、登録を受けていない課税事業者）からの課税仕入れは、区分記載請求書等と同様の事項が記載された請求書等と、経過措置の適用を受ける旨を記載した帳簿を保存すれば、仕入税額相当額の一定割合を控除できます（インボイスQ&A 問113）。

• 割合を判定する日：支払日ではなく、課税仕入れを行った日です。役務の提供を受けた場合は、原則として、約した役務の全部が完了した日になります（インボイスQ&A 問113-3）。たとえば、2026年9月中に完了した運送の委託料を10月に支払う場合は80%、10月1日以後に完了した運送は70%です。
• 帳簿：通常の記載事項に加えて、経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨を記載します（国税庁のQ&Aの例は「80％控除対象」「免」など）。
• 請求書等：書類の作成者の氏名または名称、取引の年月日、取引の内容、税率ごとに合計した税込価額、書類の交付を受ける事業者の氏名または名称が必要です。
• 1億円の上限：2026年10月1日以後に開始する課税期間からは、一の仕入先からの経過措置の対象となる課税仕入れの合計額が、その年またはその事業年度で税込み1億円を超える場合、超えた部分に経過措置を使えません（改正前は10億円）。個人事業者の課税期間は暦年（1月1日開始）なので、この上限が実際にかかるのは2027年分からです。

判定日の考え方や帳簿の書き方は、免税事業者等からの仕入れの経過措置（80%・70%・50%・30%と1億円上限）で詳しく説明しています。

当会の計算例（架空の設例）：未登録の個人ドライバーへの委託料

3月決算の法人（一般課税）が、インボイス発行事業者でない個人ドライバーに、毎月550,000円（税込み）の委託料を支払っている場合です。運送は毎月末までに完了し、翌月に支払うものとします。

この事業年度では、インボイスがある場合より、国の消費税分で117,000円、地方消費税を含めた目安で150,000円、控除が少なくなります。支払額が同じなら、12か月すべてが同じ割合の期間に入る年の控除額（国と地方の合計の目安）は、次のとおりです。

当会の計算です。国の消費税分は「税込の支払額 × 7.8/110 × 割合」、国と地方の合計の目安は「税込の支払額 × 10/110 × 割合」で計算しています（年間の支払額6,600,000円 × 10/110 ＝ 600,000円）。1億円の上限には届かない金額です。

取引条件を見直すときの注意（独占禁止法・取適法）

【確定】財務省・公正取引委員会・経済産業省・中小企業庁・国土交通省の「免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するQ&A」（2026年1月30日改正。公正取引委員会の掲載ページ）は、次の考え方を示しています。

• 控除が制限される分について再交渉し、免税事業者の仕入れや経費にかかる消費税も考えたうえで、双方が納得して取引価格を決めれば、結果として価格が下がっても独占禁止法上の問題にはならない。
• 再交渉が形式的なもので、買い手の都合だけで著しく低い価格にし、免税事業者が仕入れの際に支払った消費税も払えないような価格にすると、優越的地位の濫用として問題になる。
• 取適法の対象になる取引で、仕入先の責めに帰すべき理由がないのに発注時に決めた代金を減らすことは、禁止されている代金の減額として問題になる。仕入先が免税事業者であることは、その理由に当たらない。
• 取引先に課税事業者になるよう要請すること自体は問題ないが、ならなければ価格を引き下げる、取引を打ち切るなどと一方的に通告することは、問題になるおそれがある。

取適法の対象になるかどうかは、取引の内容と、委託する側・受託する側の資本金または従業員数で決まります。運送の再委託などの役務提供委託に加えて、2026年1月1日からは特定運送委託も対象取引になりました（公正取引委員会「取適法・振興法」）。

給与か外注費か

【確定】雇用契約またはこれに準ずる契約に基づいて支払う給与は、課税仕入れになりません。請負による報酬は、課税仕入れになります。どちらに当たるかは、雇用契約またはこれに準ずる契約に基づく対価かどうかで判定し、明らかでないときは次の点を総合して判定します（消費税法基本通達1-1-1）。

• その契約に係る役務の提供の内容が、他人が代わって行えるものかどうか
• 役務の提供に当たり、事業者の指揮監督を受けるかどうか
• まだ引渡しを終えていない完成品が不可抗力で滅失した場合などでも、既に提供した役務に係る報酬を請求できるかどうか
• 役務の提供に係る材料や用具などを供与されているかどうか

個人ドライバー側の申告：2割特例・3割特例・簡易課税

【確定】個人事業者のドライバーが消費税の申告で使える方法は、要件によって次のとおりです（国税庁 令和8年度税制改正のリーフレット、No.6505）。

2割特例の要件と使えない課税期間は消費税の2割特例はいつまで、3割特例は3割特例とは、事業区分は簡易課税制度の事業区分とみなし仕入率で説明しています。

当会の計算例（架空の設例）：個人の軽貨物ドライバー

インボイス登録を機に課税事業者になった個人の軽貨物ドライバーで、基準期間の課税売上高が1,000万円以下の場合です。1年間の運送収入（税込）は6,600,000円、ガソリン車を使い、課税仕入れ（税込）は、ガソリン代660,000円、修理・部品・タイヤ220,000円、高速道路料金99,000円、通信費88,000円の合計1,067,000円とします。自動車保険の保険料は非課税なので入れません。

課税標準額は6,600,000 × 100/110 ＝ 6,000,000円、売上げの消費税額は6,000,000 × 7.8% ＝ 468,000円です。

差引税額（468,000 − 控除する額）と地方消費税（差引税額 × 22/78）は、百円未満を切り捨てています。

この設例では、2026年分は2割特例が最も少なく、2027年分・2028年分は3割特例（180,000円）が簡易課税（300,000円）より少なくなります。運輸業の簡易課税は第5種（みなし仕入率50%）なので、仕入れの額にかかわらず、3割特例のほうが納付税額は少なくなります。一般課税のほうが少なくなるのは、仕入れの消費税額が売上げの消費税額の70%（2割特例の年は80%）を超える場合で、車両の購入などで還付が見込まれる年がこれに当たります。

2026年分に2割特例を使い、2027年分から簡易課税に移る場合は、2027年分の確定申告期限（2028年3月31日）までに簡易課税制度選択届出書を出せば、2027年分から適用できます（No.6505）。3割特例は事前の届出が不要で、確定申告書にその旨を付記して使います。

簡易課税の事業区分と車両の買替え

運送業・倉庫業は第5種事業（みなし仕入率50%）

【確定】簡易課税では、運輸通信業は第5種事業で、みなし仕入率は50%です（No.6505）。国税庁の質疑応答事例「日本標準産業分類からみた事業区分（大分類－F電気・ガス・熱供給・水道業、G情報通信業、H運輸業、郵便業）」では、一般貨物自動車運送業、特定貨物自動車運送業、貨物軽自動車運送業、集配利用運送業、倉庫業（冷蔵倉庫業を含む）、港湾運送業、貨物運送取扱業、こん包業などが第5種事業とされています。簡易課税を選べるのは、基準期間の課税売上高が5,000万円以下の課税期間で、原則として適用を受けようとする課税期間の初日の前日までに届出書を出した場合です（No.6505）。

事業に使っていた車両やフォークリフトを売却したときの売上げは、第4種事業（みなし仕入率60%）になります（No.6509）。2種類以上の事業の売上げがあるのに事業ごとに区分していない場合は、区分していない売上げに、その中で最も低いみなし仕入率が適用されます（No.6505）。車両の売却は、運賃と分けて記録します。

車両を下取りに出したとき

【確定】車両を買い替える際に古い車両を下取りに出しても、販売店は、新しい車両の代金から下取り価額を差し引いた金額を売上げにすることはできません（消費税法基本通達10-1-17）。下取りに出した側では、古い車両の売却は業務用資産の売却として課税売上げ（簡易課税では第4種事業）になり、新しい車両の購入は課税仕入れになります（国税庁の確定申告の手引き、No.6509）。差額だけを記帳しないようにします。

税抜1,000万円以上の車両を買う年の注意（高額特定資産）

【確定】簡易課税と2割特例のどちらも使わない課税期間（一般課税で申告する課税期間がこれに当たります）に、一の取引の単位で税抜1,000万円以上の棚卸資産や調整対象固定資産（高額特定資産）を仕入れると、次の制限がかかります（国税庁 タックスアンサー No.6502）。

• 仕入れた課税期間の翌課税期間から、仕入れた課税期間の初日以後3年を経過する日の属する課税期間までは、基準期間の課税売上高が1,000万円以下でも免税事業者になりません。
• 仕入れた課税期間の初日から、同日以後3年を経過する日の属する課税期間の初日の前日までは、簡易課税制度選択届出書を出せません。

車両の購入で還付を受けるために一般課税を選ぶ場合は、この制限に加えて、簡易課税をやめるには、やめようとする課税期間の初日の前日までに不適用届出書を出す必要があること、簡易課税は原則として2年間続けてからでないとやめられないことも確認します（No.6505）。2割特例・3割特例は、申告のときに一般課税と比べて選べます。

日程の早見表（2026年〜2031年）

法人の2割特例の最後の事業年度は決算月によって違います。決算月別の表は2割特例の決算月別の早見表にあります。

よくある質問

まとめ

• 軽油引取税は、2026年4月1日以後の引取りなどから1Lあたり15.0円です。元売業者・特約業者が販売し、請求書などで区分されていれば消費税の課税標準に含まれず、控除の計算に入れません。ガソリンの揮発油税は課税標準に含まれます。
• 国内と国外にわたる貨物の輸送は輸出免税です。港や空港までの国内区間だけを請け負う運送は、国際輸送の契約でその一環とされていなければ課税です。免税を受けるには、規則で定める事項を記載した帳簿または書類を7年間保存します。
• 輸出免税の売上げは課税売上割合を下げません。割合を下げるのは受取利息などの非課税売上げです。
• 自賠責保険・任意保険・運送保険の保険料は非課税、受け取る保険金は不課税です。
• 免税事業者などへの委託料は、2026年10月1日以後に完了した分から70%の控除です。割合は支払日ではなく完了した日で判定します。
• 個人ドライバーは、2026年分まで2割特例、2027年分・2028年分は3割特例を選べます。どちらも簡易課税（第5種、50%）より納付税額は少なくなります。
• 一般課税の課税期間に税抜1,000万円以上の車両を仕入れると、高額特定資産の特例で、その後しばらく免税事業者にならず、簡易課税も選べません。

改訂履歴

著者：新宿間税会（新宿間税会について）

• 2026年5月15日：公開
• 2026年9月25日：軽油引取税の税率（1Lあたり15.0円）と課税標準に含まれない条件、経過措置の割合、2割特例・3割特例、保険料の扱い、課税売上割合の計算、国際輸送の免税の範囲、簡易課税を選べる規模を訂正
• 2026年9月26日：全面改訂（軽油引取税が消費税の課税標準に含まれない条件と計算例、ガソリンの揮発油税との違い、国際輸送で免税になる輸送とならない輸送の表、免税の証明に必要な帳簿・書類、課税売上割合の計算例、保険料・保険金・車検費用の区分、2026年10月以後の経過措置と完了日による判定、取引条件の見直しと取適法、給与と外注費の区分、個人ドライバーの2割特例・3割特例・簡易課税の比較、車両の下取りと高額特定資産の特例、日程の早見表を追加。業界の事業所数・市場規模、「未登録のケースが多い」、プラットフォームの登録番号管理、「混在便は実態に応じて按分」、B/Lの保存を免税の条件とする記述、根拠のない節税の記述を削除。計算例を当会の計算例（架空の設例）として、申告の端数処理で計算し直し）